Home

Научно-методический семинар "Суперкомпьютерные технологии в науке, образовании и промышленности" (13 марта 2012)

Wed, 03/21/2012 - 10:34 — admin

Продолжает работу научно-методический семинар "Суперкомпьютерные технологии в науке, образовании и промышленности" организованный при НОЦ «Суперкомпьютерные технологии» МГУ

Очередное заседание семинара состоялось 13 марта в 16:30.

Программа семинара:

  1. 16:30-17:15
    В.Л. Макаров, д.ф.-м.н., академик, ЦЭМИ РАН
    А.Р. Бахтизин, д.э.н., ЦЭМИ РАН
    Новый инструментарий в общественных науках - агент-ориентированные модели. Опыт использования суперкомпьютеров и ГИС для агентных моделей

    В рамках доклада будут рассмотрены агент-ориентированные модели (agent based models), относящиеся к классу моделей, основанных на индивидуальном поведении агентов и создаваемых для компьютерных симуляций. Основная идея, лежащая в основе агентных моделей, заключается в построении вычислительного инструмента, представляющего собой совокупность агентов с определенным набором свойств и позволяющего проводить симуляции реальных явлений. Также предлагается проанализировать опыт запуска агентной модели на суперкомпьютере и рассмотреть возможность использования геоинформационных систем в рамках моделей этого класса.






  2. 17:15-18:00
    А.В. Головин, с.н.с, к.х.н., ФББ МГУ, НИИ ФХБ МГУ
    Р.В. Решетников, докторант, к.ф-м.н., ФББ МГУ
    Молекулярное моделирование лекарств нового типа на основе малых нуклеиновых кислот

    Сегодня известно множество фактов о роли малых нуклеиновых кислот (НК) в регуляции различных процессов в живых системах. Эти молекулы могут быть как природного, так и искусственного происхождения. Одна из важнейших задач при разработке терапевтического средства на основе малых НК - оптимизация и унификация процесса формирования третичной структуры. В нашей работе, посвящённой тромбиновому аптамеру (15-TBA), мы применили комбинацию моделирования молекулярной динамики (около 30 траекторий с суммарным временем наблюдения 4 µs) и гибридного квантово-механического и молекулярно-механического подхода для изучения процесса связывания катиона с тромбиновым аптамером на атомарном уровне. Наши наблюдения позволили предложить ряд очевидных модификаций в структуре аптамера для улучшения координации катиона. Нами были синтезированы несколько новых модификаций тромбинового аптамера, которые проявили лучшую, чем 15-ТВА, антикоагулянтную активность и эффективность самосборки.




С 16:00 - чай, кофе.